Kolejny rodzaj kosztorysu, jaki można stworzyć to kosztorys zamienny.
W standardowym procesie inwestycyjnym, firma przystępuje do robót budowlanych, uzbrojona w dokumentację projektową i kosztorys stworzony na podstawie tejże, a wskazujący koszt wykonania wszystkich prac.
Prace przebiegają mniej lub bardziej sprawnie, aż w pewnym momencie, np. na etapie robót ziemnych okazuje się, że trafiliśmy na bunkier, którego w żaden sposób nie można ominąć.
Jedynym rozwiązaniem jest usunięcie bunkra, czyli inwestorowi dochodzi kolejna praca, której nie miał ujętej w kosztorysie ofertowym. Inwestor musi stworzyć kosztorys zamienny obejmujący nowe prace i określający ewentualne zmiany technologii w pracach zawartych w kosztorysie ofertowym.
Tylko od umowy między wykonawcą i inwestorem zależy kto pokryje koszt zmiay technologii czy dodatkowych prac. Inwestor może słusznie uważać, że rolą wykonawcy było sprawdzenie terenu przed wejściem na plac budowy. Np. nie trzeba wielkiej wyobraźni, żeby domyślić się, że wbijając łopatę na Runku Głównym w Krakowie na pewno trafi się na stare fundamenty, które mogą okazać się historycznie cenne.
W wielu jednak sytuacja wykonawca nie jest w stanie przewidzieć, wielu czynników, które w ostatecznym rozrachunku wpłyną na cenę inwestycji. W zależności od zapisów umowy i ewentualnych negocjacji, okaże się jak nadprogramowe koszta zostaną pokryte.